司礼监供职的张诚和右通政丘橓二人作为指挥，由他们率领锦衣卫指挥和几个给事中，一同办理查抄事宜。张诚等人还没赶到江陵，地方官便已先到张府点验了人口，把他们都关锁在一些空房间里，封了门，不许随便出入。等张诚到时，开门查看，那些被锁的人，由于缺乏食物，饿死的人已达十数人之多了。这次共抄得黄金一万余两，白银十几万两，数目虽已不少，依然比预计的要少得多。张诚感到无法交差，便把张居正的长子，礼部主事张敬修抓来拷问，要他说出把财物已经转寄到哪里去了。张敬修支不住拷问，只得信口乱说，诬称还有三十多万两银子，都分藏在曾省吾、王篆和傅作舟等人的家里。于是曾、王、傅等人便也跟着倒了大霉，他们的家也都被抄了。张敬修诬服只不过为了逃刑，他自知抄不出来还得找他，便偷个空子自己上吊死了。

    连连抄家，使万历的贪欲益炽，他觉得抄家这个办法实在太好，比向国库伸手还要方便，从此便把这一着看成法宝，凡是有人获罪，不拘内侍、外官，论罪之后，便要继以抄家。有些狡猾的内侍，看出了这个苗头，奉命外出，更加放胆胡为，一旦为人论奏，势将难免，便不等到论罪抄家，先自便把部分赃银献给这位贪馋的皇帝，结果不但罪行可予免究，还可照样干他的富有油水的美差。历代皇帝极为贪婪的倒也不少，但公然受贿如万历的却又很难找到。

    在张居正之后对万历起到很多影响的，是万历六年（1578）入阁，十一年晋居首辅的申时行。申时行是嘉靖四十一年（1562）的状元，为人极其聪明便给，很为张居正所看重。张居正将于万历六年三月回家葬父，阁中颇感缺人。他觉得申时行这人很会办事，又极柔顺听话，不但是个很好的帮手，如果在他之后得任首辅，对他自己也必会有好处，因而便在临行之前把申时行从吏部右侍郎升为左侍郎，兼东阁大学士入预机务，使他成为阁臣。张居正死后，继之为首辅的是张四维，但到次年张四维又丁忧回籍，申时行真如张居正所盘算的那样，在他之后，很快便位居首辅了。不过张居正想在身后受到申时行的保护却又算差了。申时行这个人太聪明，太乖巧，出头干些费力又不讨好的事，他可绝不肯来。他的聪明、能干，万历也很欣赏，他出的主意，常使万历出乎意外地称心，因此万历倒很乐意向他请教，听他的话。

    申时行对万历的最大影响，是教会了他很多偷懒的办法。最先，申时行便教会了万历把奏疏“留中”。“留中”这个办法，由来倒已很久，但都不过是偶一用之，所以万历为帝虽说已逾十年，却还没有晓得，他常给那些谏疏、论疏扰得头疼，却又没有办法躲过。他常向申时行抱怨，申时行便趁机教他：“这些其实看看也就行了，不必出示外廷，反而引起争论，更添麻烦。把这些‘留中’，还有很多好处，最要紧的是上疏人一心想着他的疏文，不会再生出别的事端。”万历并不好学，但于这事却心领神会学得很好，很多奏疏，最初倒是还肯看看，后来则是只看几行，便丢开算了，再后则是有些人的奏疏他竟看也不看，便留中了。万历得以公开逃课，也是申时行给他想出了个妙招。原来历代帝王虽已身登帝位，也得定期学习，到时便得出御经筵，听经筵讲官讲读经籍。万历自来很不好学，大婚以前由李太后逼着，张居正经管着，还是常要设法逃课。大婚以后，李太后搬出了乾清宫，迁回她向来居住的慈宁宫去了，在迁出前，她虽再次郑重抬出先皇的顾托之重，把教管万历的工作托付给张居正，但张忙于政务，哪里能如李太后的督管之严，万历在读书上就更松了。张居正死后，越见稀松，每逢讲期，常常要托故传免。不过这种推托搪塞，长久了也很为难，光是想些传免的理由就越来越难。申时行又给万历解脱了这份困难。他做得倒像关心皇帝的讲习，请求即或免讲，讲官仍应把讲章进上，请皇帝