他已无力去抵抗那么多的忧患，那么大的激动了。一直到最后，他勇敢地，虽然是徒劳地作战着——在大学里，在书斋里，他一直继续斗争。最后他被迫卧床。他得了不能控制的呕吐症，直到他负荷过重的心脏停止跳动为止。一五六三年十二月二十九日，塞巴斯蒂安·卡斯特利奥逝世，卒年四十八岁。诚如一个同情他的朋友在一切都过去以后所说的那样：“靠上帝赐助，把他侥幸地从敌人的魔爪下夺了回来。”

    他的死结束了那场诽谤的战役。他的同胞们最后终于认识到，在保卫巴塞尔市最高尚的人方面，他们是何等的不热情，但一切都为时已晚了。他财产之少说明了这伟大的学者是何等的贫穷，屋子里没有留下一小块银器碎片。他的朋友们得提供丧葬费，代他还清零星债务，扶养他的孩子们。就象作为无耻的异端控告一事的补偿那样，卡斯特利奥的葬礼是道德的胜利。在他被控告为异端以后，那些胆怯地避之唯恐不迭的人，现在急于要表明他们是何等爱他和尊敬他。葬礼中灵车后面紧跟着大学里所有的成员，灵枢由学生们扛到教堂，葬在地下室。三百个学生捐款立了一块墓碑，上面镌了这样的铭词：

    “献给我们著名的导师，感谢他渊博的知识和纪念他纯洁的一生。”