后来被人们称为“效忠制度”的行政命令，成为各州政府公职人员的忠诚检查和宣誓制度。司法部长手中的黑名单，以及随后不久由各州急于媚上的一些委员会所确定的其他黑名单，对于那些被认定为非常左倾的政治组织来说，实际上成了死刑判决书。

    这种效忠制度在随后的五年中如毒蘑菇那样迅速蔓延开来，成了一种对联邦政府和州政府中可疑分子进行法外调查的机制。众议院非美活动调查委员会、联邦调查局以及各种州级委员会开始对几百万美国人建立档案，这些人的唯一罪行也许就是参加过某一特定的政治组织。这是建立所谓国内安全秩序的序曲。

    鲍林以一种日益提高的警觉注视着这场全国性的政治论战。1946年选举以后，论战离开了控制原子能的主题而变成了对共产党人的搜捕。加州的反共热潮甚嚣尘上，其速度和规模超过了其他各州。早在1947年，洛杉矶官员就命令各县图书馆从书架上撤走所有共产党书籍。加州搜寻赤色分子的领头人物是州参议员杰克·特尼，此人早先是一名歌词作者，此时正领导加州非美活动调查委员会（该委员会很快就被人称为特尼委员会）与众议院非美活动调查委员会展开了一场狂热的反共竞赛。特尼委员会总能领先一步，特尼的大名也由此频频出现于报纸的大标题中。特尼委员会公布了自己确定的加州“共产党阵线”的名单。所谓的“共产党阵线”，是指那些“与莫斯科并无正式联系却做着同样事情的组织”，包括艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会和一些其他的组织，这些组织政治态度温和，还不够资格列入司法部长的黑名单。特尼委员会的做法确实要比众议院非美活动调查委员会更胜一筹。

    特尼最早的攻击目标之一是好莱坞社区广播电台，这是艺术。科学和专业人士独立公民委员会的一个分支机构，其宗旨是在广播中提供左翼“平民社区节目”。鲍林是该电台的董事会成员。1946年年底，联邦通讯委员会审批该电台的开业执照申请，特尼把审批听证会变成了一个政治竞技场。他把拟议中的电台称为“斯大林的查理·麦卡锡”，并在证词中指控电台的许多组织者是“共产党阵线”组织，特别是艺术、科学和专业人士独立公民委员会的成员。鲍林代表电台在听证会上作证。后来当赫斯特报业集团的报纸“错误地”把电台称为“好莱坞共产党广播电台”时，鲍林成功地迫使报纸刊登了更正启事。

    特尼委员会随即开始搜集鲍林的档案材料。

    甚至在科学家中间，这场公开论战的重点实际上也从原子弹政策转向了反共鼓噪。艺术、科学和专业人士独立公民委员会在鲍林的帮助下争取更多的科学家加入该组织，这一行动促使《化学通报》刊登了一篇反对文章，文章称该组织“由亲共分子领导”。鲍林撰文答辩，他概略地叙述了个人对该组织宗旨的看法。“我注意到委员会（好莱坞分会）的官员们有一个共同特点，”他写道，“那就是他们每个人都深切关心美国和世界的未来，真诚地关注人的福利，而不管他们的种族、肤色和宗教信仰。他们都具有高度的社会责任心。”鲍林无疑是在说他自己。虽然鲍林也认为委员会的有些成员对“苏联领导人镇压个人自由的残暴政策”批评得不够严厉，但他向自己的同行保证：“我确信这个组织没有被共产党人操纵。”

    然而，其他化学家却不像鲍林那样自信。美国化学学会会刊《化学和工程新闻》刊出社论指责艺术、科学和专业人士独立公民委员会，从而引来了许许多多观点对立的读者来信。有些读者一味抱怨“共产主义已经侵人我们这个学会的机体”，鲍林则在一封致编辑的信中重提他的学者式信仰：知识分子应该承担更大的社会责任。“世界面临的问题十分重大、严峻而又难以解决，化学家和其他科学家理应比普通公民承担更重的社会责任，