有过的阻力和困难，但由于周恩来和国务院有关部门的不懈努力，整个农业形势没有出现大的动荡和反复。1968年7月，李先念、李富春副总理上报党中央和毛泽东的国务院业务组《关于1967年度粮食情况的简报》中说：1967年粮食比上年增产383亿斤，农村粮食情况进一步好转。此后连续几年里，全国农业状况一直趋于稳定。

    和农业情况相比，工业形势要严峻得多。尤其是铁路运输部门，始终处于“老大难”地位，成了周恩来的一块心病。

    事实上，早在“文化大革命”发动之初，工交系统“革命”与生产的矛盾就已经存在了。1966年6月，刘少奇、邓小平向毛泽东报送《中共中央、国务院关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的通知》稿，获得批准。随后又制定出关于上面《通知》的《补充通知》，要求各级党委在进行文化大革命的同时，采取各种措施，抓好工交生产。这两个文件的主旨，是对工交企业的“文化大革命”进行必要的限制。尽管如此，“革命”对生产的冲击已见端倪。7月中下旬，上海市工业生产中开始出现事故增多、产品质量下降、干部放松生产业务工作等问题。

    随后发生的全国性的“大串连”活动更是给铁路部门带来了严峻的考验。在红卫兵“大串连”高峰时，周恩来每日都要仔细审看工交部门汇总上来的生报表，哪个铁路局的货运量减少了，哪个煤矿的产量降低了，哪种产品的原料供应不上了，他都亲自过问、查询，找有关领导研究解决问题的措施。他一再向国务院有关同志讲：“无论多么困难，都要妥善处理好学生串连与生产建设的关系。首先，必须安排好维持生产建设所必需的货运力量，然后，安排好客运计划，在客运计划中留有一定余地以应付学生串连之需。总之，无论如何不能让生产受到影响。”当时担任铁道部部长的吕正操（因被群众批判已不能正常工作）为此感叹道：周总理这是在替我当铁道部长啊！

    就在铁路交通秩序勉强维持之际，最大的工业城市上海发生了一起震动全国的产业工人卧轨拦车事件——“安亭事件”，造成沪宁全线客货运输中断30多个小时的重大事故。在处理事件的过程中，中央文革小组副组长张春桥公然置中共中央以及华东局、中共上海市委的正确意见于不顾，擅自发表肯定“安亭事件”的言论，并签字承认以王洪人组织“造反”、“串连”，工矿企业也和学校一样，可以“停产闹革命”的先河。

    对“安亭事件”的做法，周恩来是不赞成的。这种做法，明显违背了他在事件发生前有关“抓革命、促生产”的一系列言论和实际努力。事件发生后，周恩来多次批评类似的行动，竭力维护铁路运输的正常秩序。

    11月16日，周恩来亲与江苏省委负责人通话，要求省委出面做好拦车群众的工作，放行被拦车辆。指出：“这关系到国家的信誉，关系到交通运输，关系到劳动人民。”

    28日，周恩来亲笔修改以国务院名义发给滞留在四川广汉（宝成线站名）的“成都工人造反团”电文：“请你们认真考虑：成千的工人同志来北京请愿，既不便于接待和会谈，也会影响你们工厂的生产。如果另一方面工人同志也照样来京，那将更影响生产。”

    在“安亭事件”发生一个月之后，周恩来向参加工交座谈会的成员及一些省、市负责人提出：必要的“条条”中央还要发几个，并且一定要保证有效，如保障交通运输、城镇水电供应。因为这是广大人民群众的利益，关系到国计民生。你把火车停了，这不能叫“革命行动”。出现这样的事，首先我们作自我批评，然后指出这种做法是错误的。否则，就没有原则了。

    12月13日，周恩来又就中共中央、国务院关于保证铁路运输正常秩序的通告（经周修改）致