军第三镇统制官，编练第三镇军队，从而，固定了他自己的军事业基，进而发展成大混战中的一方大军——皖军；他自己，也成为那个历史时期的中国军队首脑，其时间长达20余年!

    段祺瑞的陆军第三镇，堪称是袁世凯军中的嫡系军，驻扎在袁的总督府保定，但把触角伸到奉天、锦州一带；后来又延深到长春、昌图地区。京畿紧张之后，调回北京。

    陆军三镇没有招募新军，全是袁世凯和他一道从小站领到山东、又从山东领到保定的旧有军队。三镇下辖两个协和一个马标，协统和标统当然全是由段祺瑞挑选的自己亲信。他们先后有：雷震春、徐占凤、卢永祥、张永成、徐万鑫、陈文运和张国泰等。次年，段祺瑞又改任第四镇统制。

    这得算是一个微妙的调任——

    第四镇是由留京备营改编组成的，驻扎在京郊南苑一带，兼防天津马厂，小站。这一切都是袁世凯安排的，唯有这个镇的统制吴长纯，袁世凯有点不放心。吴虽然也是北洋中人，但在袁氏的“亲信，册上，吴长纯还没有段祺瑞那样的位置，这个镇又放在京郊，袁当然不放心，他又想到了段祺瑞。着人把段祺瑞找到跟前，对他说：“芝泉，我想让你暂到四镇去。”

    到四镇?!”段祺瑞没有想过这事。觉得他不能离开三镇。

    是这样……，袁世凯想的，当然不会隐瞒他的义女婿。他把想法说了一遍，又说：“我也不想让你长在四镇，只要你把那里的事调理好了，将来能够经得住风雨，然后么，当然还回你的三镇。”

    段祺瑞是唯袁命是听的。话说白了，他不是为朝廷效劳，他是为袁世凯效劳。他的一切都是袁世凯给的，朝廷赏的花翎，朝廷给的“奋勇巴图鲁’’荣誉称号，也是袁世凯为他请来的。他自然得听袁世凯的。他答应了袁的新任命，但他却说出了自己的顾虑：“四镇多是由各地调营编建组成，我只身一人去，只怕……”

    你可以在三镇拣一个厚实的营带。”袁世凯说：“到任之后，还可以把协统的统领调换一下么。”

    袁世凯把话说明白了，段祺瑞心上的犹豫也打消了。41岁刚到(光绪31年，公元l905年)，那年正月他便带着自己的马队一营来到陆军四镇上任统制，马队营也随即改成了马标，由他的亲信孟恩远任标统。

    段祺瑞在陆军第四镇只干了8个月，到这年8月，他又被调任陆军第六镇统制。袁世凯告诉他：“有一项特殊的任务，非你去不能完成!”